デフォルトで入っているリポジトリと、RPMFORGEとかepelがかち合った時はどうなるのかな?と思ったら優先順位を指定する設定があった。
[base] name=CentOS-$releasever - Base mirrorlist=http://mirrorlist.centos.org/?release=$releasever&arch=$basearch&repo=os #baseurl=http://mirror.centos.org/centos/$releasever/os/$basearch/ gpgcheck=1 gpgkey=file:///etc/pki/rpm-gpg/RPM-GPG-KEY-CentOS-5 priority=1
[priority=**] をつければいいみたい。
1が一番優先される。指定無しの場合は99が割り当てられているらしい。